Обеспечивает проведение финансовых расчётов между участниками системы (лицами, открывшими счета в системе) в режиме реального времени. Валюта расчётов — российский рубль. Предназначена для обеспечения функционирования систем электронной коммерции.

Система предоставляет возможность работать через веб-интерфейс или с использованием программы-кошелька, устанавливаемого на компьютер пользователя (эта возможность доступна только пользователям Windows).

Главный офис компании находится в Москве, дополнительный офис в Санкт-Петербурге. Генеральным директором компании является Евгения Завалишина.
    24 июля 2002 года система «Яндекс.Деньги» была запущена как партнерский проект Яндекса с компанией «Пейкэш».
    29 сентября 2005 года пользователям стала доступна возможность работы через веб-интерфейс.
    30 марта 2007 года Яндекс выкупил долю партнера и стал единственным владельцем платежной системы, сумма сделки не разглашалась. Сделка повлекла смену юридического лица — вместо ООО «Яндекс.Деньги» было образовано ООО «ПС Яндекс.Деньги». Переименование и изменение состава владельцев никак не отразились на пользователях системы. Новая компания также сохранила все договоренности с партнерами системы. «Проект „Яндекс.Деньги“, по сути, — уже давно часть Яндекса, и состоявшаяся сделка только отражает и закрепляет уже де-факто существующую ситуацию. Просто к сделкам такого рода нужно долго готовиться, чтобы провести их гладко, обеспечив при этом бесперебойную работу платежной системы — а это не очень просто для компании с тысячами контрагентов», — сообщила изданию TelNews Евгения Завалишина, возглавляющая платежную систему.